水质浑浊是破坏水质的重要原因，而水质变坏也会对锦鲤造成危害。水质浑浊对锦鲤健康的危害是很严重的。这也是造成新手在锦鲤养殖过程中问到锦鲤鱼怎么养的原因。而水质浑浊有可能会对锦鲤造成的危害：锦鲤生长速度变慢、锦鲤体色变差、还有可能得很多的锦鲤鱼病。
物理浑浊中长时间不换水、以及残食或多，可能会导致水质老化或是水质过肥，或是水质变坏，容易使鱼缸水中滋生细菌，或是寄生虫的繁殖。水质变坏会使锦鲤行动缓慢、状态欠佳、以及得蛋白虫，或是其他的寄生虫，从而造成锦鲤鱼更多的外伤。例如，水质变化，锦鲤会出现充血、烂鳍烂尾等锦鲤鱼病。
化学浑浊一般是水质中有残留的化学药物和增色饲料浸泡时间过程导致的褪色。而这些残留的化学药物没有得到及时的清理，就会让锦鲤感觉不适。而水质中可能存在的病毒或是有害的细菌，而这些细菌和病菌在药物溶液中经过长时间的浸泡，就会形成抗药性，锦鲤同样也会形成抗药性。也就是再得这种鱼病的情况下，使用此种药物会失效。所以在治疗完锦鲤鱼病后，一定要及时的用活性炭将其吸附。增色饲料的褪色也有可能会导致锦鲤褪色，而锦鲤长时间在药物溶液中浸泡，也会导致体表颜色不是很亮丽，鲜艳。
生物浑浊对锦鲤造成的危害。前面也已经了解到生物浑浊主要是因为水质中鱼类的粪便或是残食等有机物给异营性细菌提供了大量的食物来源，使其快速并大量的繁殖。而由于水质中大量异营性细菌的存在，水质中鱼类新陈代谢的产物“氨”的浓度也会大量的提高，大大加重了硝化系统的工作能力，形成负担。同时也有可能会抑制硝化细菌的繁殖。而这些氨毒素的逐渐堆积增多，会造成锦鲤鱼氨中毒，甚至死亡。这也是在新手养殖锦鲤过程中遇到死鱼的一个重要原因。
这些有机物的增多，同时也会和锦鲤竞争缸内仅有的生存资源。他们的生存需要大量的氧气，不仅会侵占生物滤材，还会是他们居住的地方酸性化，而这些对硝化细菌是极其不利的。这些水中微生物的大量滋生会破坏水体中形成的生态平衡，这些都是会造成锦鲤生长健康的关键因素。随意有的鱼友饲养的锦鲤勉强活下来，但是长不大、或是体色不艳丽、没有光亮的原因。